L’arrêt de travail est un outil stratégique pour préserver sa santé sans compromettre son avenir professionnel. Voici ce qu’il faut savoir lorsque vous travaillez avec une sclérose en plaques.
Comment déclarer son arrêt de travail ?1
Un arrêt de travail est prescrit par un médecin (généraliste ou spécialiste). Il fournit un document en trois volets : les deux premiers sont à envoyer à l’assurance-maladie, et le troisième à son employeur, dans les 48 heures suivant la prescription.
Si ce délai n’est pas respecté, vous risquez une mise en garde la première fois et une diminution des indemnités journalières les suivantes.
Si l’arrêt a été dématérialisé, le médecin envoie directement les deux premiers volets à l’assurance-maladie. Il vous suffit de faire parvenir le troisième volet à votre employeur.
Fonction publique : quelles règles ?2
Dans la fonction publique, les arrêts sont indemnisés à hauteur de 90 % du traitement indiciaire brut pendant les trois premiers mois, puis 50 % pendant les neuf mois suivants. Le salaire brut ne comprend ni les primes ni les indemnités complémentaires.
Le délai de carence est d’un jour.
Il est à noter que les règles peuvent varier selon la fonction publique d’appartenance.
Entreprises privées : quel montant ? Quel délai de carence ?3
Depuis le 1er avril 2025, le plafond des indemnités journalières a été abaissé de 1,8 fois à 1,4 fois le SMIC, soit 41,47 € brut par jour.
Dans le secteur privé, le salarié est indemnisé à hauteur de 50 % de son salaire journalier brut (calculé sur la moyenne des trois derniers mois, divisé par 91,25). Attention, certains critères, comme le nombre d’heures de travail minimal ou certains montants de salaire, doivent être respectés.
Si l’employeur maintient le salaire, c’est lui qui perçoit les Indemnités Journalières (IJ) et les reverse au salarié. C’est ce que l’on appelle une subrogation.
Les IJ sont versées à partir du quatrième jour : les trois premiers jours correspondent au délai de carence. En cas de prolongation pour la même pathologie, il n’y a plus de délai de carence, à condition de respecter le délai de 48 heures pour l’envoi.
Comme la SEP fait partie des Affections de Longue Durée (ALD), ce délai de carence n’est habituellement compté qu’au premier arrêt de travail, durant une période de trois ans.
Et pour les indépendants ?3
Depuis 2020, les travailleurs indépendants ont eux aussi droit aux indemnités journalières, via le régime général. Le montant indemnisé est calculé à partir de la moyenne des revenus des trois dernières années (plafonné à 64,52 €/jour en 2025).
Comme pour les salariés, il convient d’avoir suffisamment cotisé pour bénéficier de l’indemnisation (retrouvez les critères à respecter).
Le revenu indemnisé est limité par le Plafond Annuel de la Sécurité Sociale (le PASS), en vigueur. Au 1er janvier 2025, il était fixé à 47 000€ brut.
Pour les indépendants, le délai de carence est de trois jours.
Attention, les professions libérales affiliées à la Caisse Nationale d’Assurance Vieillesse des Professions Libérales (CNAVLP) n’ont pas toutes droit aux indemnités journalières via la Caisse Primaire d’Assurance Maladie (CPAM). Renseignez-vous auprès de votre caisse.
Et si vous êtes au chômage ?3
Même sans emploi, vous avez droit à des indemnités journalières maladie (à condition de remplir les critères évoqués ci-dessus).
La CPAM se base alors sur les anciens salaires pour calculer les droits. Si vous percevez l’Allocation d’Aide au Retour à l’Emploi (ARE), autrement dit l’allocation chômage, elle est suspendue pendant l’arrêt de travail, et remplacée par les indemnités journalières.
Lorsque l’arrêt prend fin, l’ARE reprend, avec une durée prolongée d’autant.
Qu’est-ce qu’un arrêt de travail de longue durée ?4,5
Dans le cas d’une ALD comme la SEP, un arrêt peut dépasser six mois. S’il est en lien direct avec l’ALD, l’assurance-maladie bascule alors en arrêt de longue durée.
Vous pouvez percevoir des indemnités journalières pendant trois ans au maximum, de manière consécutive ou non. Au-delà, un suivi renforcé est alors mis en place par la CPAM, comprenant des visites médicales, des contrôles et un accompagnement.
Si l’état de santé ne s’améliore pas, plusieurs options s’ouvrent à vous : adaptation du poste, reprise à temps partiel thérapeutique (voir ci-dessous), reconversion, invalidité.
Et le temps partiel thérapeutique ?6,7
Le temps partiel thérapeutique est une forme d’arrêt de travail à temps partiel. Il est prescrit par le médecin, souvent après un arrêt long.
L’objectif est de reprendre le travail en douceur, sur un rythme adapté à votre santé.
Vous percevez à la fois votre salaire, au prorata du temps travaillé, ainsi que des indemnités journalières pour compenser la perte de salaire. Le total peut approcher de votre revenu antérieur.
Ce dispositif doit être validé par la médecine du travail et accepté par l’employeur. Il peut être refusé, mais uniquement avec des justifications précises (comme une impossibilité d’aménagement par exemple).
Je termine cert article par le conseil que m’avait donné la responsable de la Mission Handicap de mon ancienne entreprise. « Considère le travail avec une maladie chronique comme un marathon, et non comme un sprint. L’objectif est de rester inséré(e) professionnellement le plus longtemps possible. »
250603150412BD - 08/2025
Sources bibliographiques
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Service-public.fr. (2025). Arrêt maladie : démarches à suivre. Service-public.fr. Disponible sur : https://www.service-public.fr/particuliers/vosdroits/F303
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Service-public.fr. (2025). Congé de maladie du fonctionnaire. Service-public.fr. Disponible sur : https://www.service-public.fr/particuliers/vosdroits/F490
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Assurance Maladie. (2025). Arrêt maladie : indemnités journalières et démarches pour les salariés. Ameli.fr. Disponible sur : https://www.ameli.fr/paris/assure/remboursements/indemnites-journalieres-maladie-maternite-paternite/arret-maladie-salarie
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Fondation ARSEP. (2025). Travail et Sclérose en Plaques [Brochure]
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Haute Autorité de Santé. (2025). Guide - Affection de longue durée : Sclérose en plaques [PDF]
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Assurance Maladie. (2025). La reprise du travail à temps partiel thérapeutique. Ameli.fr. Disponible sur : https://www.ameli.fr/paris/entreprise/vos-salaries/arret-de-travail/reprise-temps-partiel-therapeutique
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Sante.fr. (2025). Qu'est-ce que le temps partiel thérapeutique ? Sante.fr. Disponible sur : https://www.sante.fr/endometriose/quest-ce-que-le-temps-partiel-therapeutique
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